Разработка инновационных лекарственных препаратов и внедрение их в производство является основным приоритетом компании. АО "Фармасинтез" является единственной в России фармацевтической компанией, которая участвует в разработке нового препарата для лечения туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУТБ) - “ПЕРХЛОЗОН®”. Ещё одна разработка компании – уникальный препарат по предотвращению спаечных образований «Серогард®».